Traps you may encounter in Alignment software

STAR:

可以用--outFileNamePrefix指定文件夹和前缀，其中"Aligned.out.sam"是默认回帖后输出。一般而言，SAM文件过大，不方便后续使用，我们更需要的是BAM文件。最好是类似于samtools sort的输出文件，那么设置参数为--outSAMtype BAM SortedByCoordinate。 如果你设置的线程数非常大，那么你很有可能会遇到如下这种报错，我的解决方案就是降低线程数。

FATAL ERROR: number of bytes expected from the BAM bin does not agree with the actual size on disk